Istituito con DPR del 17/05/1996 il Parco comprende tutto il territorio del comune della Maddalena, con tutte le isole dell'Arcipelago e il mare circostante. Le strutture e le iniziative dell'area hanno sede nel centro di La Maddalena e nella località Stagnali a Caprera dove è stata avviata la realizzazione di un centro educativo ambientale. Tra le iniziative promozionali, vi è la manifestazione nazionale "Vivere il Mare" che ogni anno coinvolge centinaia di studenti italiani ed esteri in un concorso per la realizzazione di filmati sull'ambiente marino. Sono sette le isole maggiori dell'area protetta, più di 45 comprendendo isolotti e scogli. Il territorio si estende su tutte le terre emerse lungo la costa nord orientale della Sardegna fino a sud del piccolo gruppo di Mortorio, Soffi e Le Camere.